Sopravvissuti ad un attacco improvviso, alla new entry Roadblock ("The Rock" Dwayne Johnson) e ai suoi compagni Snake Eyes (Ray Park), Jinx (Elodie Yung) e Lady Jaye (Adrianne Palicki), non rimane altro che lottare per la propria sopravvivenza e per la difesa della democrazia messa in pericolo ancora una volta dagli spietati killer Storm Shadow (Lee Byung-hun), Zartan (Arnold Vosloo) e Firefly (Ray Stevenson), tutti al servizio di un mutaforma che sembra essersi impadronito della presidenza con l'inganno. Momentaneamente sconfitti, in inferiorità numerica e costantemente sotto tiro, i Joe progettano l'operazione denominata "Seconda rivoluzione americana" per portare alla luce la verità e ristabilire l'ordine democratico. A sostenerli in questa impresa disperata, però, arriva l'aiuto inaspettato di un veterano, il capitano Joseph Colton, interpretato da un Bruce Willis cui viene affidato il compito di rappresentare il soldato perfetto, il prototipo umano su cui è stato creato l'intero corpo dei G.I. Joe. 
Rispetto al primo capitolo diretto da Stephen Sommers (La Mummia, Van Helsing), questa seconda pellicola firmata da Jon Chu si propone di portare sullo schermo atmosfere più realistiche e meno futuribili, anche se la spettacolarità dei combattimenti non rinuncia a essere il punto di forza dell'intero film. Partendo da questa prospettiva e traendo ispirazione dal background del suo regista, G.I. Joe: La vendetta sembra esteticamente più rifinito grazie a dei costumi che, nelle forme come nei colori, richiamano alla cultura ninja e a coreografie di combattimento sicuramente di maggiore impatto rispetto a quelle di danza viste nei due Step Up diretti da Chu. Anzi, unendo il forte e immancabile spirito di appartenenza nazionale che anima gran parte del cinema bellico americano con la filosofia dell'onore sviluppata nella cultura Samurai, il regista sembra costruire un'avventura più completa e stimolante deciso a lasciarsi alle spalle gli errori di chi lo ha preceduto dietro la macchina da presa. A rappresentare simbolicamente queste due anime sono senza dubbio il granitico The Rock, nelle vesti del mitragliatore della squadra dei Joe, e la più leggiadra Jinx che, armata di katana e vestita di un rosso acceso, sembra ispirarsi alle donne guerriere de La foresta dei pugnali volanti. In questo modo, tra esplosioni, faccia a faccia sostenuti a colpi di spada e scontri "volanti" lungo i fianchi di montagne a picco sul nulla, il film scritto da Rhett Reese e Paul Wernick regala personalità e un tocco di auto ironia a tutto il "mondo" dei G.I. Joe , privilegiando un divertimento adrenalinico al ritmo incalzante di Seven Nation Army dei White Stripes.
