In origine Scott era intenzionato a fare di Prometheus un vero e proprio prequel per il franchise cinematografico che conta quattro pellicole nella saga originale e due spin-off/cross-over con Predator, altra razza aliena poco amichevole nei confronti degli umani. Tuttavia, intervistato in merito il regista ha affermato che "mentre Alien è stato il punto di partenza per questo progetto, durante il processo creativo si è creata una nuova mitologia, un nuovo universo dove la storia della Prometheus avrà vita. I fan più affezionati riconosceranno sicuramente i collegamenti con Alien, ma le idee che ho messo in questo film sono uniche, grandiose e provocatorie. Non potrei essere più felice di aver trovato questa storia da raccontare e di ritornare finalmente a questo tipo di film che mi è tanto caro".
Anche Fassbender ha rilasciato delle dichiarazioni in merito alle simitudini tra le due dimensioni narrative: "c'è sicuramente una connessione tra le due; nonostante la nuova sceneggiatura abbia preso una direzione indipendente, ci sono chiari riferimenti alla saga originale. E' un film d'azione ma allo stesso tempo c'è una trama specifica e ben presente, proprio con nel primo Alien." L'attore ha poi continuato scherzosamente dicendo che è sua intenzione darsi allo yoga e al pilates pur di guadagnare una postura perfetta e qualche centimetro in più per fronteggiare gli alieni. La sceneggiatura è a opera di Damon Lindelof e Jon Spaihts, mentre la produzione è affidata ai fratelli Scott, David Giler e Walter Hill.
