Sebbene il pubblico abbia interpretato il finale de Il labirinto del fauno attribueendo alla pellicola i significati più disparati, da una metafora religiosa a un'allegoria psicologica, Guillermo del Toro, durante un'intervista del tour promozionale, ha offerto una spiegazione più semplice, ma più poetica.
Il regista ha dichiarato: "Penso sempre a quella bellissima citazione di Søren Kierkegaard che dice che il regno del tiranno finisce con la sua morte, ma il regno del martire inizia con la sua morte. Penso che questa sia l'essenza del film; si tratta di vivere per sempre scegliendo come morire."
Il monologo iniziale del film recita: "Tanto tempo fa, nel regno sotterraneo, dove la bugia, il dolore, non hanno significato, viveva una principessa che sognava il mondo degli umani. Sognava il cielo azzurro, la brezza lieve e la lucentezza del sole. Un giorno, traendo in inganno i suoi guardiani, fuggì. Ma appena fuori, i raggi del sole la accecarono, cancellando così la sua memoria. La principessa dimenticò chi fosse e da dove provenisse. Il suo corpo patì il freddo, la malattia, il dolore, e dopo qualche anno, morì. Nonostante tutto, il Re fu certo che l'anima della principessa avrebbe fatto ritorno, magari in un altro corpo, in un altro luogo, in un altro tempo. L'avrebbe aspettata, fino al suo ultimo respiro. Fino a che il mondo non avesse smesso di girare."
Presentato in concorso al Festival di Cannes, Il labirinto del fauno si è rivelato uno straordinario successo, al punto che secondo i calcoli del sito Metacritic risulta essere l'opera cinematografica più apprezzata a livello mondiale dell'intero 2006.