A nove settimane dall'inizio delle riprese, la produzione di X-Men 3 è costretta a trovare un altro regista per il terzo episodio del franchise ideato da Tom DeSanto. Matthew Vaughn, il regista che era stato incaricato di dirigere il film, infatti ha deciso di abbandonare il progetto per motivi personali.
Secondo un comunicato diffuso dalla casa di produzione, Vaughn - che vive a Londra con sua moglie, Claudia Schiffer e i loro due bambini - inizialmente aveva programmato di fare la spola tra Vancouver e Londra, poi si è reso conto invece che avrebbe dovuto lavorare tra Vancouver e Los Angeles per almeno un anno, e non se l'è sentita di stare lontano dalla famiglia per così tanto tempo.